O mercenário Snake é novamente chamado pelo governo, em 2003, quando os EUA virou uma ditadura governada por um fanático de Direita. Depois que um terremoto destruiu Los Angeles, ali virou uma terra de mutantes e figuras bizarras. A missão de Snake é ir atrás da filha do presidente, que se envolveu com um chefe guerrilheiro. Novamente é ameaçado por vírus mortal, que pode matá-lo caso não cumpra sua missão a tempo.