Em 1946, a menina do filme anterior se transformou numa Lady, mulher do Embaixador americano nos EUA. É lá que ela encontra uma menina órfã, que gosta muito de jardins e que vai viver na mansão Yorkshire, agora transformada em orfanato. A chave do Jardim Secreto está com Martha, mas logo a menina percebe que ela será escolhida para cuidar dele.